Numerosos artistas han representado la decapitación del Bautista en la lóbrega prisión del palacio de Herodes (cf. Mc 6,14-29). Entre ellos estuvo Michelangelo Merisi, llamado Caravaggio, quien en 1608 realizó su lienzo más grande (361 × 520 cm), la Decapitación de san Juan Bautista. Conservada en la Concatedral de San Juan de La Valeta, en Malta, es la única obra firmada por el artista.
En aquella época Caravaggio estaba huido: desde hacía dos años pesaba sobre él una condena a muerte por homicidio en los Estados Pontificios. Refugiado primero en Nápoles, el 14 de julio de 1607 llegó a Malta, gobernada por la Orden de los Caballeros de San Juan. Quien le encargó la obra fue el poderoso Gran Maestre, el francés Alof de Wignacourt.
Caravaggio conduce al espectador a la oscuridad de la prisión. Bajo un amplio arco de piedra se consuma una escena de muerte y violencia. En el centro, el verdugo se cierne sobre el cuerpo exánime del Bautista, abatido en el suelo por un tajo de espada. Con la izquierda lo agarra por los cabellos, mientras con la derecha extrae de detrás del hombro el puñal destinado al golpe final. Esta arma corta, llamada "misericordia", servía precisamente para poner fin a la agonía de los condenados.
De la profunda herida en el cuello del Bautista la sangre se derrama por el suelo. En la mancha roja toma forma la firma "f. Michelang[e]lo", en la que la "f" significa "fra" y alude a su condición de Caballero de la Obediencia Magistral, título reservado a los miembros de origen no aristocrático.
Junto al verdugo, un impasible carcelero ordena a una joven sirvienta que acerque la bandeja destinada a recoger la cabeza. Entre ambos aparece una anciana que se lleva las manos al rostro en un mudo grito de horror. A la derecha, detrás de una ventana enrejada, apenas se distinguen dos hombres que observan la escena, probablemente otros presos.
Una luz tenue pero intensa, que no proviene de fuentes naturales, envuelve el drama y hace resaltar la energía de los cuerpos desnudos del verdugo y del santo. El Bautista yace boca abajo, con las manos atadas a la espalda. Un manto rojo bermellón lo envuelve, dejando entrever la característica piel de camello.
A la derecha, la luz sobrenatural revela una cuerda y una argolla de hierro clavada en la pared, indicios de lo que acaba de suceder: el prisionero ha sido desatado para ser ejecutado. La espada del verdugo no logró cortarle la cabeza al primer golpe y lo dejó agonizante; por eso el hombre, ante los ojos de los presentes, empuña el puñal y se dispone a concluir la ejecución.
La luz guía la narración e ilumina el último aliento del mártir. La sangre derramada sella el cumplimiento de su misión: preparar el camino a Cristo, "el Cordero de Dios, que quita el pecado del mundo" (Jn 1,29).
Caravaggio se identifica profundamente con el Bautista: también él vive bajo una sentencia de muerte. El pintor espera que el Papa pueda conmutarla en un acto de clemencia y, sobre todo, confía en la misericordia de Dios para su propia salvación eterna.
El cuadro estaba destinado al coro del oratorio, construido sobre el cementerio en el que eran sepultados los Caballeros, incluidos los martirizados por los turcos. Allí los monjes-caballeros se reunían para orar y tomar decisiones importantes. El martirio les recordaba que su ardua misión de liberar Tierra Santa y socorrer a los cristianos reducidos a la esclavitud por los turcos podía exigir, en cualquier momento, el sacrificio de la vida por Cristo.